D'après Hésiode, elle est la fille du Titan Coéos et de sa sœur Phébé. Selon certains auteurs elle est l'épouse de Jupiter avant que celui-ci n'épouse Junon.
L'un des Hymnes homériques la mentionne ainsi dans l'histoire de Niobé, et Homère la montre amie des Troyens pendant la guerre de Troie, tout comme son fils Apollon.
Des auteurs postérieurs brodent sur cette histoire. Latone devient l'une des nombreuses maîtresses de Jupiter encourant la colère de Junon : cette dernière interdit à Terra d'accueillir la parturiente et décrète que ses enfants ne devraient pas naître dans un lieu où brillait le soleil. Elle fait poursuivre Latone par le serpent Python. Latone erre donc jusqu'à trouver l'île d'Ortygie ( fondée par sa sœur Astéria), qui, flottant entre la terre et la mer, n'encourt pas la malédiction de Junon. Jupiter accroche l'île au fond de la mer, et l'île prend le nom de Délos. Latone y donne naissance à Diane « Lune » et Apollon « Soleil ».
Selon une autre tradition, Astéria voulant échapper à Jupiter aurait été transformée en caille par celui-ci, d'où le nom d'Ortygie pour l'île. Une variante indique également que Junon a retenu prisonnière Ilithyie, déesse de l'accouchement. Les autres dieux, usant d'une ruse, finissent par libérer la déesse, permettant ainsi à Latone d'accoucher.
Mais Junon n'arrête pas pour autant ses tourments. Après avoir accouché de ses deux enfants, Latone se rend en Lycie et un jour, elle décide de faire la toilette de ses enfants dans le Xanthe. Mais sur l'ordre de Junon, les paysans du lieu viennent troubler l'eau pour l'en empêcher. Excédée, la déesse les fait chasser par des loups puis les transforme en grenouilles.
Ses deux enfants lui gardent donc un profond amour filial. Apollon tue le monstrueux serpent Python qui avait persécuté sa mère pendant sa grossesse ou encore massacre, avec sa sœur Diane, presque tous les enfants de Niobé pour avoir osé se comparer à leur mère.